Determinare con precisione quando la Chiesa Sospesa sia stata edificata rappresenta una sfida per gli storici, poiché esistono diverse teorie sulla sua origine.
Secondo alcune fonti, la chiesa risale addirittura al III secolo d.C., collocandola tra le chiese più antiche dell'intero Egitto.
Altre testimonianze suggeriscono invece una datazione più recente.
L'ipotesi più accreditata tra gli studiosi è che l'attuale struttura sia stata eretta durante il patriarcato di Isacco di Alessandria, tra il 690 e il 692 d.C.
Questa teoria è sostenuta da numerose evidenze architettoniche e documenti storici.
Tuttavia, è importante notare che potrebbe essere esistito un precedente edificio ecclesiastico nello stesso sito o nelle vicinanze, risalente al III o IV secolo.
Nonostante le numerose teorie sulla sua fondazione, la prima menzione documentata della Chiesa Sospesa appare nella biografia del patriarca Giuseppe I, che governò la Chiesa Copta dall'831 all'849 d.C.
In questo testo si menziona la visita del governatore dell'Egitto alla chiesa, confermando così la sua esistenza almeno da quel periodo.
Durante il corso dei secoli, l'edificio ha subito diverse modifiche strutturali.
Un importante intervento di ricostruzione avvenne sotto il pontificato di Papa Abramo (975-978), il 62° Papa della Chiesa Copta Ortodossa, dopo che la struttura originale era stata parzialmente distrutta.
Questa ricostruzione ha contribuito alla difficoltà di datazione precisa dell'edificio, poiché molti suoi elementi risalgono a epoche storiche differenti.
La Chiesa Sospesa venne costruita come luogo di culto per la comunità cristiana copta, in un periodo storico complesso, segnato dalle tensioni tra l'Impero Bizantino e il nascente Califfato islamico.
Alcune fonti suggeriscono che l'imperatore bizantino Giustiniano potrebbe aver ordinato la costruzione della chiesa nel VI secolo, anche come struttura difensiva.